全国计算机信息高新技术考试和人事部门设立的全国性的计算机考试主要的区别是考试对象的不同。人事部门的计算机考试的主要对象是从事计算机软件开发人员，是计算机理论和研发技术的考试；而全国计算机信息高新技术考试的对象是需要掌握计算机应用技术和计算机操作技能的人员。全国计算机信息高新技术考试和教育部门设立的全国性的计算机考试主要的区别是：教育部的考试注重从教育层面对计算机理论知识及基础能力进行考试；而劳动保障部计算机高新技术考试是以应用为原则，对计算机在应用领域宽广性进行了充分考虑，是与国家职业标准、就业政策及职业资格证书制度相衔接的实效性考试。